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Auteur Denis Tagu |
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Titre : Bio-informatique : Principes d'utilisation des outils Type de document : texte imprimé Auteurs : Denis Tagu, Auteur ; Jean-Loup Risler, Auteur Editeur : Ed. Quae Année de publication : 2010 Collection : Savoir Faire Importance : 270 p. Présentation : ill.bro.couv. en coul. Format : 16cmx 24cm ISBN/ISSN/EAN : 978-2-7592-0870-8 Langues : Français (fre) Langues originales : Français (fre) Index. décimale : 660 Technologie chimique (chimie industrielle) et techniques connexes Résumé : Située à l'interface entre la biologie et l'informatique, la bio-informatique et ses outils font aujourd'hui partie du « paysage » des laboratoires s'intéressant de près ou de loin à la structure, au fonctionnement et à l'évolution des génomes. Pour tous les intervenants, s'approprier les outils d'analyse, de stockage et de visualisation des séquences d'acides nucléiques et d'acides aminés est devenu une nécessité. Ce livre contribuera à une meilleure compréhension des outils à disposition et de leurs principes de fonctionnement et permettra ainsi d'en faire un usage raisonné. Note de contenu : Sommaire:
-Généralités
-Fiche 1. Bio-informatique et bio-analyse : définitions
-Fiche 2. Quelques généralités sur les gènes et les génomes
-Banques et bases de données en biologie
-Fiche 3. Introduction
-Fiche 4. Banques généralistes
-Fiche 5. Bases de données spécialisées de génomes complets
-Fiche 6. Bases de données dédiées aux expériences à grande échelle
-Fiche 7. Bases de données dédiées à des familles de séquences
-Fiche 8. Généralités sur les outils de recherche, d'analyse et de visualisation
-Fiche 9. Outils d'interrogation de données : databank browsers
-Fiche 10. Outils de navigation génomique : genome browsers
-Pour en savoir plus...
-Alignement des séquences
-Fiche 11. Principes
-Fiche 12. Alignements graphiques et programmation dynamique
-Fiche 13. BLAST
-Fiche 14. Statistiques de BLAST et E-value
-Fiche 15. Pièges de BLAST
-Fiche 16. Filtrage des séquences et recherche de motifs avec BLAST
-Fiche 17. Différentes variantes de BLAST
-Fiche 18. FASTA
-Fiche 19. Introduction à l'alignement multiple
-Fiche 20. Principales méthodes d'alignement multiple
-Fiche 21. Alignement multiple : ClustalW
-Fiche 22. Alignement multiple : ClustalW en ligne de commande
-Fiche 23. Alignement multiple : DIALIGN
-Fiche 24. Alignement multiple : T-Coffee
-Fiche 25. Alignement multiple : MUSCLE
-Fiche 26. Alignement multiple : MAFFT
-Fiche 27. Choix d'un logiciel d'alignement multiple
-Pour en savoir plus...
-Domaines protéiques
-Fiche 28. Domaines, modules ou motifs protéiques et leurs bases de données
-Pour en savoir plus...
Reconstruction phylogénétique
Fiche 29. Introduction
Fiche 30. Méthodes basées sur les matrices de distances
Fiche 31. Méthodes basées sur le principe de parcimonie
Fiche 32. Méthodes basées sur le maximum de vraisemblance
Fiche 33. Estimation de la robustesse
Fiche 34. Choix d'une méthode
Pour en savoir plus...
Annotation des génomes
Fiche 35. Introduction
Fiche 36. Prédiction des séquences codantes et chaînes de Markov
Fiche 37. Annotation structurale, ou syntaxique
Fiche 38. Introduction à l'annotation fonctionnelle
Fiche 39. Limites de l'annotation des génomes
Fiche 40. Introduction à l'annotation fonctionnelle in silico
Fiche 41. Annotation fonctionnelle in silico par recherche d'homologies
Fiche 42. Annotation fonctionnelle in silico : alignement de paires de séquences
Fiche 43. Annotation fonctionnelle in silico : alignement multiple de séquences
Fiche 44. Annotation fonctionnelle in silico : méthodes de reconnaissance par repliements
Fiche 45. Annotation fonctionnelle in silico : conservation de la fonction et similarité de séquences
Fiche 46. Annotation fonctionnelle in silico : propriétés intrinsèques des séquences
Fiche 47. Annotation fonctionnelle in silico : exploitation du contexte des gènes
Fiche 48. Conclusions sur l'annotation fonctionnelle in silico
Pour en savoir plus...
Comparaison des génomes
Fiche 49. Introduction
Fiche 50. Événements de spéciation et de duplication
Fiche 51. Orthologie et paralogie
Fiche 52. Processus de comparaison des génomes
Fiche 53. Classification des espèces tenant compte de leur contenu génétique
Pour en savoir plus...
Analyse du transcriptome
Fiche 54. Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN
Fiche 55. Introduction à l'analyse statistique des expériences sur le transcriptome
Fiche 56. Méthodes de l'analyse statistique des expériences sur le transcriptome
Fiche 57. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome : signification statistique
Fiche 58. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome : représentations graphiques
Pour en savoir plus...Bio-informatique : Principes d'utilisation des outils [texte imprimé] / Denis Tagu, Auteur ; Jean-Loup Risler, Auteur . - Versailles : Ed. Quae, 2010 . - 270 p. : ill.bro.couv. en coul. ; 16cmx 24cm. - (Savoir Faire) .
ISBN : 978-2-7592-0870-8
Langues : Français (fre) Langues originales : Français (fre)
Index. décimale : 660 Technologie chimique (chimie industrielle) et techniques connexes Résumé : Située à l'interface entre la biologie et l'informatique, la bio-informatique et ses outils font aujourd'hui partie du « paysage » des laboratoires s'intéressant de près ou de loin à la structure, au fonctionnement et à l'évolution des génomes. Pour tous les intervenants, s'approprier les outils d'analyse, de stockage et de visualisation des séquences d'acides nucléiques et d'acides aminés est devenu une nécessité. Ce livre contribuera à une meilleure compréhension des outils à disposition et de leurs principes de fonctionnement et permettra ainsi d'en faire un usage raisonné. Note de contenu : Sommaire:
-Généralités
-Fiche 1. Bio-informatique et bio-analyse : définitions
-Fiche 2. Quelques généralités sur les gènes et les génomes
-Banques et bases de données en biologie
-Fiche 3. Introduction
-Fiche 4. Banques généralistes
-Fiche 5. Bases de données spécialisées de génomes complets
-Fiche 6. Bases de données dédiées aux expériences à grande échelle
-Fiche 7. Bases de données dédiées à des familles de séquences
-Fiche 8. Généralités sur les outils de recherche, d'analyse et de visualisation
-Fiche 9. Outils d'interrogation de données : databank browsers
-Fiche 10. Outils de navigation génomique : genome browsers
-Pour en savoir plus...
-Alignement des séquences
-Fiche 11. Principes
-Fiche 12. Alignements graphiques et programmation dynamique
-Fiche 13. BLAST
-Fiche 14. Statistiques de BLAST et E-value
-Fiche 15. Pièges de BLAST
-Fiche 16. Filtrage des séquences et recherche de motifs avec BLAST
-Fiche 17. Différentes variantes de BLAST
-Fiche 18. FASTA
-Fiche 19. Introduction à l'alignement multiple
-Fiche 20. Principales méthodes d'alignement multiple
-Fiche 21. Alignement multiple : ClustalW
-Fiche 22. Alignement multiple : ClustalW en ligne de commande
-Fiche 23. Alignement multiple : DIALIGN
-Fiche 24. Alignement multiple : T-Coffee
-Fiche 25. Alignement multiple : MUSCLE
-Fiche 26. Alignement multiple : MAFFT
-Fiche 27. Choix d'un logiciel d'alignement multiple
-Pour en savoir plus...
-Domaines protéiques
-Fiche 28. Domaines, modules ou motifs protéiques et leurs bases de données
-Pour en savoir plus...
Reconstruction phylogénétique
Fiche 29. Introduction
Fiche 30. Méthodes basées sur les matrices de distances
Fiche 31. Méthodes basées sur le principe de parcimonie
Fiche 32. Méthodes basées sur le maximum de vraisemblance
Fiche 33. Estimation de la robustesse
Fiche 34. Choix d'une méthode
Pour en savoir plus...
Annotation des génomes
Fiche 35. Introduction
Fiche 36. Prédiction des séquences codantes et chaînes de Markov
Fiche 37. Annotation structurale, ou syntaxique
Fiche 38. Introduction à l'annotation fonctionnelle
Fiche 39. Limites de l'annotation des génomes
Fiche 40. Introduction à l'annotation fonctionnelle in silico
Fiche 41. Annotation fonctionnelle in silico par recherche d'homologies
Fiche 42. Annotation fonctionnelle in silico : alignement de paires de séquences
Fiche 43. Annotation fonctionnelle in silico : alignement multiple de séquences
Fiche 44. Annotation fonctionnelle in silico : méthodes de reconnaissance par repliements
Fiche 45. Annotation fonctionnelle in silico : conservation de la fonction et similarité de séquences
Fiche 46. Annotation fonctionnelle in silico : propriétés intrinsèques des séquences
Fiche 47. Annotation fonctionnelle in silico : exploitation du contexte des gènes
Fiche 48. Conclusions sur l'annotation fonctionnelle in silico
Pour en savoir plus...
Comparaison des génomes
Fiche 49. Introduction
Fiche 50. Événements de spéciation et de duplication
Fiche 51. Orthologie et paralogie
Fiche 52. Processus de comparaison des génomes
Fiche 53. Classification des espèces tenant compte de leur contenu génétique
Pour en savoir plus...
Analyse du transcriptome
Fiche 54. Définition des séquences sonde pour la PCR et pour les puces à ADN
Fiche 55. Introduction à l'analyse statistique des expériences sur le transcriptome
Fiche 56. Méthodes de l'analyse statistique des expériences sur le transcriptome
Fiche 57. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome : signification statistique
Fiche 58. Analyse statistique des expériences sur le transcriptome : représentations graphiques
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Exemplaires (9)
Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 12/192497 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 12/192498 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 12/192499 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 12/192500 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 13/208015 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 13/208016 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 13/208017 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 13/208018 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 13/208019 L/660.010 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible
Titre : Principes des techniques de biologie moléculaire : 2éme édition, revue et augmentée Type de document : texte imprimé Auteurs : Moussard Christian, Auteur ; Denis Tagu, Auteur Editeur : INRA Année de publication : 2003 Collection : Science de la vie Importance : 176 p. Présentation : ill. Format : 24cm X 16cm ISBN/ISSN/EAN : 978-2-7380-1067-4 Langues : Français (fre) Langues originales : Français (fre) Index. décimale : 574 Résumé : .
-La biologie moléculaire est une discipline qui a bouleversé les Sciences du Vivant. L'explosion de la génomique proposant des séquences de génomes entiers ainsi que des approches globales de leur fonctionnement en est un exemple récent. L'objectif de cet ouvrage, présenté sous forme de fiches, n'est pas de détailler des protocoles ou des recettes toutes faites, mais d'expliquer simplement les principes théoriques des techniques de biologie moléculaire. Mise à jour d'une précédente version parue en 1999, cette édition propose des illustrations améliorées et présente notamment des techniques de génomique nouvellement apparues dans les laboratoires
-Cet ouvrage s'adresse à toute personne, spécialiste ou non, curieuse de connaitre les bases des différentes techniques de manipulation des acides nucléiquesNote de contenu : .
Sommaire:
Définitions
Structure et expression d'un gène eucaryote codant un ARNm et une protéine
Paramètres de description d'un génome
Séquençage de génomes entiers
Vecteurs et clonage :
Enzymes de restriction
Electrophorèse des acides nucléiques
Description d'un plasmide et d'un phagemide
Description d'un bactériophage et d'un cosmide
Description d'un YAC et autres grands vecteurs
Clonage moléculaire
Transformation génétique des bactéries et des levures
Marquage d'acides nucleiques et hybridations :
Marquage de l'ADN
Hybridation moléculaire
Hybridation in situ des ARNm
Banques d'adn et criblage :
Construction d'une banque d'ADN génomique
Construction d'une banque d'ADNc
Criblage d'une banque
Criblage différentiel : banques d'ADNc soustraites, AFLP-ADNc
Criblage différentiel par DD RT-PCR : tri d'ARNm (differential display RT-PCR)
Criblage différentiel par SSH : hybridation soustractive et suppressive (suppression substractive hybridization)
Criblage différentiel par RDA : analyse par différence de représentation (representational différence analysis)
EST : étiquettes de gènes exprimés (expressed sequence tags)
Réseaux d'ADN: puces à ADN, filtres d'ADNc
Caractérisation d'un gène :
Séquençage d'ADN
PCR (polymérase Chain réaction)
RACE : amplification rapide d'extrémités d'ADNc (rapid amplification of cDNAs ends)
Marche génomique par PCR
RT-PCR : PCR sur ARNm (reverse transcriptase PCR)
Transcription in vitro
Détermination du site d'initiation de la transcription 30
Analyse fonctionnelle de promoteurs
Gel-retard
Empreinte à la DNase I (footprinting) TRANSFORMATIONS GENETIQUES D'EUCARYOTES
Transformation génétique des végétaux par Agrobacterium tumefaciens
Transfert direct de gènes dans des protoplastes végétaux
Transfert direct de gènes par biolistique
Transformation génétique de cellules animales
Le clonage des animaux
Expression transitoire
Analyse de la fonction d'un gène :
Protéines recombinantes
Les baculovirus d'insectes, vecteurs d'expression de gènes étrangers
Système du double hybride
Mutagenèse dirigée
Complémentation de mutation chez la Levure
Inactivation de gènes (knock-out)
Étiquetage moléculaire
RNAi : inactivation de gènes par interférence d'ADN (RNA interférence)
Polymorphisme d'un génome :
Marqueurs génétiques moléculaires
Cartes génétique et physique
PFGE : électrophorèse en champs pulsés (pulse field electrophoresis)
RFLP : polymorphisme de longueur des fragments de restriction (restriction fragment length polymorphism)
RAPD : polymorphisme d'ADN par amplification aléatoire (random amplified polymorphic DNA)
AFLP : polymorphisme de longueur de fragments amplifiés (amplified fragment length polymorphism)
Les rétromarqueurs
SSCP : polymorphisme de conformation de l'ADN monocaténaire (single strand conformation polymorphism)
DGGE : électrophorèse de l'ADN en gradient de gel dénaturant (denaturing gel gradient electrophoresis)
SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide (single nucleotide polymorphism)
SSR : microsatellites, répétitions de séquences simples (simple sequence repeats)En ligne : https://www.quae.com/system/product_pictures/data/000/002/851/large/principes-de [...] Principes des techniques de biologie moléculaire : 2éme édition, revue et augmentée [texte imprimé] / Moussard Christian, Auteur ; Denis Tagu, Auteur . - Paris : INRA, 2003 . - 176 p. : ill. ; 24cm X 16cm. - (Science de la vie) .
ISBN : 978-2-7380-1067-4
Langues : Français (fre) Langues originales : Français (fre)
Index. décimale : 574 Résumé : .
-La biologie moléculaire est une discipline qui a bouleversé les Sciences du Vivant. L'explosion de la génomique proposant des séquences de génomes entiers ainsi que des approches globales de leur fonctionnement en est un exemple récent. L'objectif de cet ouvrage, présenté sous forme de fiches, n'est pas de détailler des protocoles ou des recettes toutes faites, mais d'expliquer simplement les principes théoriques des techniques de biologie moléculaire. Mise à jour d'une précédente version parue en 1999, cette édition propose des illustrations améliorées et présente notamment des techniques de génomique nouvellement apparues dans les laboratoires
-Cet ouvrage s'adresse à toute personne, spécialiste ou non, curieuse de connaitre les bases des différentes techniques de manipulation des acides nucléiquesNote de contenu : .
Sommaire:
Définitions
Structure et expression d'un gène eucaryote codant un ARNm et une protéine
Paramètres de description d'un génome
Séquençage de génomes entiers
Vecteurs et clonage :
Enzymes de restriction
Electrophorèse des acides nucléiques
Description d'un plasmide et d'un phagemide
Description d'un bactériophage et d'un cosmide
Description d'un YAC et autres grands vecteurs
Clonage moléculaire
Transformation génétique des bactéries et des levures
Marquage d'acides nucleiques et hybridations :
Marquage de l'ADN
Hybridation moléculaire
Hybridation in situ des ARNm
Banques d'adn et criblage :
Construction d'une banque d'ADN génomique
Construction d'une banque d'ADNc
Criblage d'une banque
Criblage différentiel : banques d'ADNc soustraites, AFLP-ADNc
Criblage différentiel par DD RT-PCR : tri d'ARNm (differential display RT-PCR)
Criblage différentiel par SSH : hybridation soustractive et suppressive (suppression substractive hybridization)
Criblage différentiel par RDA : analyse par différence de représentation (representational différence analysis)
EST : étiquettes de gènes exprimés (expressed sequence tags)
Réseaux d'ADN: puces à ADN, filtres d'ADNc
Caractérisation d'un gène :
Séquençage d'ADN
PCR (polymérase Chain réaction)
RACE : amplification rapide d'extrémités d'ADNc (rapid amplification of cDNAs ends)
Marche génomique par PCR
RT-PCR : PCR sur ARNm (reverse transcriptase PCR)
Transcription in vitro
Détermination du site d'initiation de la transcription 30
Analyse fonctionnelle de promoteurs
Gel-retard
Empreinte à la DNase I (footprinting) TRANSFORMATIONS GENETIQUES D'EUCARYOTES
Transformation génétique des végétaux par Agrobacterium tumefaciens
Transfert direct de gènes dans des protoplastes végétaux
Transfert direct de gènes par biolistique
Transformation génétique de cellules animales
Le clonage des animaux
Expression transitoire
Analyse de la fonction d'un gène :
Protéines recombinantes
Les baculovirus d'insectes, vecteurs d'expression de gènes étrangers
Système du double hybride
Mutagenèse dirigée
Complémentation de mutation chez la Levure
Inactivation de gènes (knock-out)
Étiquetage moléculaire
RNAi : inactivation de gènes par interférence d'ADN (RNA interférence)
Polymorphisme d'un génome :
Marqueurs génétiques moléculaires
Cartes génétique et physique
PFGE : électrophorèse en champs pulsés (pulse field electrophoresis)
RFLP : polymorphisme de longueur des fragments de restriction (restriction fragment length polymorphism)
RAPD : polymorphisme d'ADN par amplification aléatoire (random amplified polymorphic DNA)
AFLP : polymorphisme de longueur de fragments amplifiés (amplified fragment length polymorphism)
Les rétromarqueurs
SSCP : polymorphisme de conformation de l'ADN monocaténaire (single strand conformation polymorphism)
DGGE : électrophorèse de l'ADN en gradient de gel dénaturant (denaturing gel gradient electrophoresis)
SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide (single nucleotide polymorphism)
SSR : microsatellites, répétitions de séquences simples (simple sequence repeats)En ligne : https://www.quae.com/system/product_pictures/data/000/002/851/large/principes-de [...] Réservation
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Code-barres Cote Support Localisation Section Disponibilité 11/185929 L/574.164 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 11/185930 L/574.164 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 11/185931 L/574.164 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 11/185932 L/574.164 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible 11/185933 L/574.164 Livre Bibliothèque Science de la nature et de la vie et sciences de la terre et de l'univers indéterminé Disponible
